洁净空调系统分为集中式与分散式，集中式洁净空调系统又称中央空调，所有空气处理设备(风机、粗、中、高效过滤器、加热器、冷却器、加湿器、除湿器和制冷机组等)都集中在空调机房内，通过输送管道将精密控制处理后的空气分配给空气末端装置，送到净化实验室里，以不同换气次数和气流形式来实现洁净实验室不同的洁净级别。这种空调系统热源和冷源集中，对空气的基本参数的调整易于实现，它处理空气量大，也便于净化参数控制，运行可靠，是目前大型集群式净化实验室的首选方式。

分散式洁净室空调系统大多局限于局部实验室需要净化处理的情况，把单独的空调处理系统安置在净化实验室或净化实验室的不同区域，在出风口通过各类过滤器和净化装置如风机过滤单元(FFU)对空气进行净化处理，每一个末端处理系统可以单独对空气参数进行调节，也可以实现对不同净化实验室净化等级的控制。

空调通风系统必须使洁净实验室维持一定正压或负压

洁净实验室中，机械仪器设备洁净室和一般生物洁净室都是采用正压维持,但对于使用有毒、有害气体或使用易燃易爆溶剂以及其他有特殊要求的洁净实验室则采用负压控制。

洁净实验室维持一定的正压是保证洁净室不受或少受污染、是维持设计洁净度等级必不可少地条件之一。即便是负压洁净室，它也必须有不低于它洁净度级别地相邻房间或套间维持一定的正压，负压洁净室的洁净度才能得以维持。

洁净室正压值是指门窗全部关闭状态下，室内静压大于室外静压的数值。它是通过净化系统送风量大于回风量和排风量的方法来达到。不同等级的洁净实验室以及实验室内洁净区与非洁净区之间的静压差，应不小于5Pa，洁净区与室外的静压差，应不小于10Pa.。

此外，洁净实验室对于风量，风速等各项指标的技术要求也都非常严格，因此，空调系统必须能够满足对其参数进行精确的控制。